1. انتخاب مصرف‌کنندگان در معرض خطر است
در اغلب موارد غذاهای مهندسی ژنتیک شده (GE) برچسب نخورده یا جدا از غذاهای معمولی نیستند. از این جهت، ما انتخاب زیادی نداریم. با وجود مقررات موجود مبنی بر برچسب‌گذاری اجباری مواد غذایی GE در اروپا به منظور امکان انتخاب مشتری، تهدیدات سلامت به دلیل گرده‌‌افشانی‌ها در طبیعت و آلودگی‌ها برای کشورهای توسعه یافته نیز هنوز پابرجا است. با انجام مهندسی ژنتیک در محصولات غذایی، خریدار خانواده واقعا هیچ انتخابی ندارد. چگونه می‌توان تولید و عرضه مواد غذایی را تحت‌کنترل قرار داد؟
2. خطرات سلامت
اگرچه تمام احتمالات مبنی بر اثرگذاری محصولات مهندسی ژنتیک بر سلامت انسان از جمله انتقال ژن یا سرطان‌زا بودن این محصولات تاکنون تائید نشده و نیز مواردی از بروز مشکلات در مصرف‌کنندگان این محصولات گزارش نشده است، اما بنا بر شرط پیشگیری بهتر از درمان، انجام فرایند ارزیابی ریسک محصولات مهندسی ژنتیک ضرورتی اجتناب ناپذیر است.
مواد غذایی تولید شده در فرآیند مهندسی ژنتیک می‌تواند خطراتی را برای سلامت افراد مبتلا به آلرژی به وجود آورد. از آنجا که این فرآیند غیرقابل پیش‌بینی است، امکان توسعه مواد جدید در محصولات غذایی مهندسی ژنتیک افزایش می‌یابد. با وجود دانش بهداشت و سلامت و انجام برخی آزمایش‌ها، اما هیچ تضمینی برای عدم شکل‌گیری مخاطرات سلامت در آینده وجود ندارد.
علاوه‌بر آلرژی‌های جدید، تغییر ژن‌ها در گیاهان و جانوران می‌تواند باعث انتقال ژن‌های موجود در واکنش به روش‌های ناشناخته مانند کاهش ارزش‌های تغذیه‌ای و تغییرات در کیفیت ارگانیسم‌ها شود.
3. خطرات محیط‌زیستی
نباید مخاطرات احتمالی این فناوری در محیط‌زیست را از نظر دور داشت. به عنوان مثال در بحث گیاهان تراریخته از جمله مخاطرات احتمالی می‌توان به احتمال تجمع ترکیبات سمی جدید، رشد غیرقابل کنترل علف‌های هرز و انتقال ژن‌های مقاوم از یک محصول مهندسی شده به یک علف هرز از طریق گرده افشانی را نام برد که یک مزیت انتخابی به علف هرز می‌دهد.
4. تنوع زیستی در خطر است
انتخاب گونه‌ها و القای صفات خاص مهندسی به این گونه‌های انتخابی، با برهم زدن تعادل طبیعی تنوع زیستی زمین را تهدید می‌کند. ارگانیسم‌های مهندسی ژنتیک شده، به صورت کنترل نشده‌ای در طبیعت گسترش می‌یابند. آنها همچنین ژن‌های خود را درون ذخیره ژنی موجود گسترش می‌دهند. هنگامی که ارگانیسم‌های مهندسی شده منتشر می‌شوند، دگرگونی طبیعت ادامه خواهند داشت، ممکن است توقف آسیب غیرممکن باشد.
5. مهندسی ژنتیک درباره مدیریت کنترل کشاورزی است
دلیل اصلی برای مهندسی و انتشار یک بذر این است که از بازار محصولات پول درآورد. اگر چه برخی از کشاورزان سنتی با فعالیت خانوادگی در دنیا از این تکنولوژی استفاده می‌کنند، اما آنها نیروی محرکه ایجاد آن نیستند. محصولات مهندسی ژنتیکی بیشتر مرتبط با کشاورزانی است که به یک چرخه وابسته به طرح‌های سریع تکنولوژی با هزینه حق امتیاز و بدهی به بانک، متصل هستند.
6. کشاورزی ارگانیک در معرض خطر است
مهندسی ژنتیک پتانسیل بالایی برای افزایش بهره‌وری کشاورزی از طریق رسیدن سریع، افزایش بازده و کیفیت تغذیه‌اي و نیز مقابله با مشکلات کشاورزي از جمله افزایش مقاومت به آفات و علف کش‌ها، تحمل خشکسالی و ... دارد. با وجود این اثرات مطلوب همواره تهدیدات بالقوه انسانی، گیاهی، جانوري و محیط زیستی براي محصولات ناشی از این فرآیند مطرح می‌شود. اگرچه شواهد علمی کافی در مورد اثربخشی و شدت این تهدیدات ارائه نشده است.
گیاهان مهندسی ژنتیکی زون‌های بافر (مرزی) و اراضی محدود شده را تشخیص نمی‌دهند. آنها جریان پیدا کرده و هر کجا که سرنوشت آن را داشته باشند، جابه‌جا می‌شود. چه کسی مسئول آلودگی محصولات متعارف و ارگانیک است؟ شرکت‌های بیوتکنولوژی؟ درحال‌حاضر، قوانین کمی مربوط به مسئولیت‌پذیری در ارتباط با معماران جدید زندگی، وجود دارد. قوانینی که وجود دارد مربوط به حقوق مالکیت معنوی است.
7. سوء‌تفاهمات اقتصادی
این محصولات هزینه‌های بیشتری را نسبت به انتظارات به‌وجود می‌آورند. آنها همچنین حامل ریسک‌های جدیدی هستند. رسوایی‌های مبنی برآلودگی این محصولات موجب شد تا بازار آسیا برای واردات ذرت آمریکایی بسته شود. این خطر ازدست‌دادن بازارهای خارجی منجر به رهاسازی گندم مهندسی ژنتیکی در سال 2004 شد.
8. افزایش مصرف حشره‌کش و علف‌کش
هنگامی‌که گیاهان برای مقاومت در برابر حشرهکشها مهندسی می‌شوند، کشاورزان حشره‌کش‌های بیشتری را روی این گیاهان می‌ریزند. همراه با آفاتی که به مرور در برابر حشرهکشها مقاوم‌تر می‌شوند، به دلیل استفاده بیشتر، شما یک شرکت با فروش بیشتر مواد شیمیایی، محیط آلوده‌تر، و یک کشاورز وابسته‌تر دارید.
9. انحصار تولید مواد غذایی
گسترش مهندسی ژنتیک با افزایش امکانات قانونی برای حق انحصاری انتشار گیاهان و ژن‌های آنها همراه است. حق انحصاری در مورد مواد غذایی خطرات ذاتی را به‌وجود می‌آورند که چند شرکت فراملی کنترل انحصاری را برای کل زنجیره تولید مواد غذایی از ژن تا ظرف غذایی دارند. درگیری‌های اولیه در مورد حقوق انحصاری در شمال آمریکا نشان می‌دهد چگونه در آینده کشاورزان ممکن است برخی از حقوق مربوط به محصولات خود را از دست بدهند. حقوق انحصاری در حیات با مفهوم حقوق مالکیت معنوی سازگار نیست.
10. افسانه مقابله با گرسنگی در جهان
وعده غلبه بر گرسنگی در سراسر جهان با کمک مهندسی ژنتیک معتبر نیست. تحقیق و توسعه در مورد گیاهان اصلاح شده ژنتیکی به‌طور خصوصی سازماندهی شده و در دست تنها چند شرکت بزرگ در مناطقی مانند شمال آمریکا است که محصولات خود را از طریق این فرآیندهای مهندسی و حقوق انحصاری محافظت می‌کنند. در این توسعه به نیازهای کشاورزی صنعتی فشرده در منطقه معتدل پرداخته شده است. گیاهان اصلاح شده ژنتیکی هنوز به حل مشکلات کشاورزی در مناطق استوایی کمک نمی‌کند. انحصارطلبی‌ها و هزینه‌های تکنولوژی، از انتقال تکنولوژی از شمال به جنوب جلوگیری می‌کند. تغذیه ناکافی و ناقص، یک مشکل کمیت غذایی نیست بلکه بحث قدرت و توزیع است. کمبود غذا در جهان وجود ندارد، اما نقص‌های شدیدی در دسترسی به مواد غذایی و فرآیند توزیع وجود دارد.
در نتیجه‌گیری لازم است تاکید شود که پیش از ورود محصولات مهندسی ژنتیک به بازار ارزیابی خطر آنها انجام گرفته و حتی بعد از عرضه آنها پایش مستمر به منظور پیشگیري از مشکلات احتمالی صورت پذیرد. در مجموع، کاربرد ایمن این فناوري و محصولات مهندسی ژنتیک با درنظرگرفتن تمام تفاهم‌نامه‌هاي قابل‌قبول ملی و بین‌المللی ارزیابی خطرات سلامتی و محیط‌زیستی به بهره‌گیري از فواید این تکنولوژي در کشاورزي، پزشکی و صنعت کمک خواهد کرد.